A necrópole de Alapraia enquadra-se num conjunto de vestígios arqueológicos pré-históricos, tendo surgido de um novo conceito aplicado na época a este tipo de monumento: o de escavar em vez de construir.
Uma das primeiras referências a esta necrópole, data de 1889, quando Francisco Paula e Oliveira refere o estado de degradação em que se encontrava a Gruta I, que na altura já estava desprovida de qualquer espólio e servia como pocilga.
Numa pesquisa efectuada em Setembro de 1932, por Afonso do Paço e pelo Padre Eugénio Jalhay, foi detectada a Gruta II, alvo de escavações nos anos seguintes.
Concluídas as escavações na Gruta II, de imediato se procedeu ao início dos estudos da Gruta III, já identificada em 1934, por um habitante da zona, que se encontrava também já sem espólio, à excepção de um pequeno sector no corredor da câmara funerária.
Como resultado destas importantes pesquisas arqueológicas que tiveram grande eco a nível internacional, em 1942, foi inaugurada, pelo então Chefe do Estado, uma sala de arqueologia no piso térreo do Museu dos Condes de Castro Guimarães, invocando o nome dos arqueólogos já citados. De entre os objectos expostos, destacam-se as sandálias votivas, em calcário, e diversos exemplares de cerâmica campaniforme, de uma magnífica riqueza decorativa.
A sala foi enriquecida com os espólios resultantes das escavações arqueológicas do povoado pré-histórico do Estoril, das grutas artificiais de S. Pedro do Estoril, do povoado pré-histórico de Parede e ainda do espólio proveniente da Gruta IV de Alapraia.
Em 1943, a realização de obras para a instalação de um chafariz revelou a existência da Gruta IV, cujas escavações tiveram início dois dias após a descoberta, chafariz esse que virá a ser implantado no Largo Padre Eugénio Jalhay.
A 20 de Março de 1945, a necrópole de Alapraia foi classificada, sendo hoje um Imóvel de Interesse Público do concelho.
De modo a garantir a salvaguarda e divulgação das Grutas Artificiais de Alapraia está prevista a musealização do conjunto, em articulação com o casal rural também edificado no local.